Die arabische Medizin, die ihre Wurzeln in Griechenland hatte, kam mit dem Ayurveda erst durch Eindringlinge und Auswanderer in Kontakt. Im 6. Jahrhundert v. Chr. gab es einige ayurvedische Literatur, die von prominenten Gelehrten übersetzt wurde.

Während des Mittelalters haben verschiedene Wissenschaftler eine beträchtliche Anzahl neuer ayurvedischer Bücher verfasst. Einige davon sind:

• „Charaka Samhita“ wurde von Manka ins Persische und später von Abdulla-bin-Ali als Sharaka ins Arabische übersetzt.
• „Sushruta Samhita“ wurde von Manka als Sushrud ins Arabische übersetzt.
• „Ashtanga Hridaya“ wurde von Ibun-Dhan als Astankar ins Arabische übersetzt.
• „Siddhayoga“ wurde von Ibun-Dhan als Sindhashtaq ins Arabische übersetzt.

Auch in „Firdausu’l Hikmat“, verfasst von Ali-bin-Raban-al-Tabri (850 n. Chr.), gibt der Autor gegen Ende seiner Arbeit einen detaillierten Bericht über das indische Medizinsystem.
Um diese Zeit bereicherten die Werke von Avicenna (985-1040 n. Chr.) die griechisch-arabische Medizin. In späteren Perioden wurde seine Publikation „The Canon of Medicine“ (verteilt auf 5 Bände) in den medizinischen Einrichtungen vieler europäischer Länder unterrichtet und beeinflusste dort das Konzept der medizinischen Wissenschaften.
In schwierigen politischen Situationen konnten die Gelehrten und Praktizierenden des Ayurveda ihre wertvollen Besitztümer - die ayurvedische Literatur - nicht schützen. Sie unterrichteten Ayurveda nur ihren Untergebenen und nicht den wirklich berechtigten Schülern. Diese erzwungenen Praktiken von Ayurveda-Gelehrten haben im Namen von Anubhoot Yogas (Formulierungen, die auf Erfahrung basieren) einen neuen Trend in Bewegung gesetzt: Proprietäre / Geheime Formulierungen.
Zu dieser Zeit machte die Hippokratische Medizin, die sich im Namen der Allopathie (zur Behandlung von Substanzen, die den Symptomen entgegenwirken) in Europa verbreitet hatte, nur wenige wichtige Fortschritte. Im Jahre 1543 verfasste Andreas Vesalius ein Lehrbuch zur menschlichen Anatomie. Im Jahre 1950 erfand der niederländische Optiker Zacharias Janssen das Mikroskop. Dieses Instrument spielte eine wichtige Rolle in späteren medizinischen Entdeckungen. William Harvey machte seine Entdeckungen über das Blutkreislaufsystem und legte damit den Grundstein für die systematische Physiologie im Jahr 1628. Ein niederländischer Naturforscher, Anton van Leevanhoek, führte diese Beobachtung durch.
In Indien war die Mogul-Regierung im Vergleich zur Herrschaft des Sultanats Delhi in der Lage, dem Land die gewünschte politische Stabilität zu verleihen. Einige Mogul-Könige waren für die indische Zivilisation günstig; von ihnen war Akbar sehr mitfühlend gegenüber indischen Werten und wollte unbedingt das Land regieren, indem er das Herz indischer Ureinwohner eroberte. Akbars Hauptbeitrag zur Ayurveda kam aus zwei Ecken. Erstens baute er ein einzigartiges Krankenhaus, in dem die Systeme von Ayurveda und Unani Hand in Hand arbeiteten. Zweitens blieb sein Name in der Geschichte des Ayurveda unsterblich, weil Todarmal ein Gelehrter an seinem Hof war.